A ANCOSE foi constituída em 6 de Novembro de 1981, por um grupo de criadores de ovinos da raça autóctone Serra da Estrela , e teve como principal objectivo, o melhoramento genético e a defesa da raça. Entre 1981 e 1986, a ANCOSE assegurou em parceria com os serviços oficiais e o Parque Natural da Serra da Estrela, a execução do contraste leiteiro, tendo então sido alargado a vários concelhos do solar da Raça Ovina Serra da Estrela.
Após 1986, a ANCOSE passou a assumir integralmente o contraste leiteiro, e abrange todos os concelhos do solar da raça.
Em 1984, a ANCOSE é nomeada como entidade gestora do livro genealógico da raça ovina Serra da Estrela, sendo até hoje, fiel depositária deste livro, contando com 267 produtores aderentes. Em 1990, é instalado na ANCOSE, o centro de testagem de reprodutores masculinos, dando-se inicio à experiência de inseminação artificial em ovinos Serra da Estrela. É ainda em 1990, que o núcleo de ovinos Serra da Estrela, representa Portugal na prestigiada feira internacional de Paris, onde compete com outras etnias meditterrânicas de aptidão leiteira.
Em 1984, é elaborado o programa de melhoramento da raça ovina Serra da Estrela, estando neste documento descritos quais os objectivos a atingir no melhoramento desta raça. Em 1997, foi criada na ANCOSE, uma oficina/queijaria, destinada ao fabrico experimental e demonstrativo do queijo Serra da Estrela. A criação desta oficina permitiu que se estabelecessem estudos em parceria com estabelecimentos de ensino superior, sobre leite e cardo.